המכון ללימודי היהדות הוקם בשנת 1999 בהחלטת ממשלת ישראל בשיתוף הסוכנות היהודית, ומופעל ע"י המשרד לקליטת העלייה. המכון הוקם במטרה להעניק לאזרחי ישראל שאינם רשומים כיהודים אפשרות להעשיר את עולמם בידע בערכי היהדות, בתולדות ישראל ובתרבות העם היהודי, וללוות את המעוניינים בכך לאורך כל תהליך הגיור. הלימודים מתקיימים בכל רחבי הארץ במגוון שפות ובתוכנית לימודים פלורליסטית.
המכון מפעיל שלושה מסלולי לימוד: צבאי, אזרחי ומסלול לסטודנטים.